第一條
本規程依澎湖縣政府農漁局組織規程第八條規定訂定之。
第二條
澎湖縣家畜疾病防治所（以下簡稱本所）隸屬於澎湖縣政府農漁局，依法辦理本縣動物防疫與衛生管理事項。
第三條
本所置所長，由具獸醫師資格者任之，承局長之命，綜理所務，並指揮監督所屬員工。
第四條
本所設下列各股，分別掌理有關事項：
一、動物防疫股：掌理動物之傳染病防疫及研究、衛生保健及一病之防疫及研究、流行病學研究調查及處理、動物健康證明書、畜牧場廢水及水產養殖場水質之輔導、配合辦 理輸入動物追蹤檢疫及其他有關防疫事項。
二、獸醫行政股：掌理獸醫公共衛生管理、動物用藥品之管理、上市前畜禽藥物殘留之防範、獸醫師管理及訓練、養畜戶動物衛生防疫輔導、寵物管理及動物收容所之管理及其他 相關事項之聯繫協調。
第五條
本所置股長、技士及技佐。
前項股長、技士、技佐均由具獸醫師資格者任之。
第六條
本所置會計員，由澎湖縣政府主計處派員兼任，掌理歲計、會計及統計事項。
第七條
本所人事管理業務，由本所派員兼辦。
第八條
本規程所列各職稱之官等職等及員額，另以編制表定之。
各職稱之官等職等，依職務列等表之規定。
第九條
所長請假或因故不能執行職務時由股長代行。
所長辭職，依公務人員相關法令辦理。
第十條
本所分層負責明細表，由本所訂定，報請澎湖縣政府農漁局備查。
第十一條
本規程自八十九年一月一日施行。
本規程中華民國九十年八月七日修正發布之修正條文，自中華民國九十年八月九日施行。
本規程中華民國一百年三月二十三日修正發布之修正條文，自中華民國一百年七月一日施行。
本規程中華民國一百零六年七月二十七日修正發布之修正條文，自中華民國一百零六年七月一日施行。