法規內容：
第一條
本自治條例依公民投票法（以下簡稱本法）第二十六條及第二十八條規定制定之。
第二條
澎湖縣（以下簡稱本縣）公民投票適用事項如下：
一、自治條例之複決。
二、自治條例立法原則之創制。
三、地方自治事項重大政策之創制或複決。
預算、租稅、薪俸及人事事項，不得作為公民投票之提案。
本府對於公民投票提案，是否屬地方自治事項有疑義時，應報請行政院認定。
第三條
本縣縣民，除憲法另有規定外，年滿十八歲，未受監護宣告者，有公民投票權。
第四條
有公民投票權之人，在本縣繼續居住六個月以上，得為本縣公民投票案之提案人、連署人及投票權人。
提案人年齡及居住期間之計算，以算至提案提出日為準；連署人年齡及居住期間之計算，以算至連署人名冊提出日為準；投票權人年齡及居住期間之計算，以算至投票日前一日為準，並均以戶籍登記資料為依據。
前項投票權人年齡及居住期間之計算，於重行投票時，仍以算至原投票日前一日為準。
第五條
公民投票案之提出，應由提案人之領銜人檢具公民投票案主文、理由書及提案人名冊正本、影本各一份，向本府為之。
前項領銜人以一人為限；主文以不超過一百字為限；理由書以不超過二千字為限。超過字數者，其超過部分，不予公告及刊登公報。
第一項主文應簡明、清楚、客觀中立；理由書之闡明及其立場應與主文一致。
第一項提案人名冊，應依規定格式逐欄填寫，提案人應親自簽名或蓋章，填具本人國民身分證統一編號及戶籍地址，並分鄉（市）別裝訂成冊。
公民投票案之提出，以一案一事項為限。
第六條
公民投票案提案人人數，應達提案時最近一次縣長選舉選舉人總數千分之五以上。
公民投票案提案表件不合前條第一項、第二項規定、未依前條第四項分鄉（市）別裝訂成冊或提案人名冊不足前項規定之提案人數者，本府應不予受理。
第七條
本府於收到公民投票提案或補正之提案後，應於六十日內完成審核。經審核有下列情事之一者，應敘明理由，通知提案人之領銜人於三十日內補正，並以一次為限，屆期未補正或經補正仍不符規定者予以駁回：
一、提案非第二條規定之本縣公民投票適用事項。
二、提案不合第五條第五項規定。
三、提案有第九條第四項或第十二條第一項規定之情事。
四、提案內容不能瞭解其提案真意。
公民投票案經本府認定合於規定者，應函請戶政機關於十五日內查對提案人。
戶政機關應依據戶籍登記資料查對提案人名冊，有下列情事之一者，應予刪除：
一、提案人不合第四條第一項規定資格。
二、提案人姓名、國民身分證統一編號或戶籍地址書寫錯誤或不明。
三、提案人名冊未經提案人簽名或蓋章。
四、提案人提案，有偽造情事。
提案人名冊經查對後，其提案人數不足前條第一項規定時，本府應通知提案人之領銜人於三十日內補提，補提以一次為限，補提後仍不足規定人數或屆期不補提者，該提案應予駁回。
提案合於本自治條例規定者，本府應依該提案性質分別函請相關機關於收受該函文後四十五日內提出意見書，內容並應敘明通過或不通過之法律效果；屆期未提出者，視為放棄。意見書以二千字為限，超過字數者，其超過部分，不予公告及刊登公報。本府彙集相關機關意見書後，應即移送澎湖縣選舉委員會（以下簡稱選委會），辦理公民投票事項。
選委會收到提案後，應通知提案人之領銜人於十日內向該會領取連署人名冊格式，自行印製，徵求連署；屆期未領取者，視為放棄連署。
第八條
公民投票案於選委會通知連署前，得經提案人總數二分之一以上同意，由提案人之領銜人以書面撤回之。
第九條
公民投票案連署人數，應達提案時最近一次縣長選舉選舉人總數百分之五以上。
公民投票案提案人之領銜人，應於領取連署人名冊格式之次日起六個月內，將連署人名冊正本、影本各一份向選委會一次提出；屆期未提出者，視為放棄連署。
前項連署人名冊，應依規定格式逐欄填寫，連署人應親自簽名或蓋章，填具本人國民身分證統一編號及戶籍地址，並分鄉（市）別裝訂成冊向選委會提出。
公民投票案依第二項或第七條第六項規定視為放棄連署者，自視為放棄連署之日起，原提案人於二年內不得就同一事項重行提出之。
第十條
選委會收到連署人名冊後，經清查連署人數不足前條第一項之規定，或未依前條第三項分鄉（市）別裝訂成冊提出者，選委會應不予受理；合於規定者，應函請戶政機關於六十日內完成查對。
戶政機關應依據戶籍登記資料查對連署人名冊，有下列情事之一者，應予刪除：
一、連署人不合第四條第一項規定資格。
二、連署人姓名、國民身分證統一編號或戶籍地址書寫錯誤或不明。
三、連署人名冊未經連署人簽名或蓋章。
四、連署人連署，有偽造情事。
連署人名冊經查對後，其連署人數合於前條第一項規定者，選委會應於十日內為公民投票案成立之公告，該公民投票案並予編號；連署人數不合規定者，選委會應通知提案人之領銜人於三十日內補提，補提以一次為限，補提後仍不足規定人數或屆期不補提者，選委會應為公民投票案不成立之公告。
第十一條
選委會應在電視頻道提供時段，舉辦至少一場發表會或辯論會，供正反意見支持代表發表意見或進行辯論，受指定之電視臺不得拒絕。
前項電視時段由選委會洽商電視臺或指定本縣有線電視台提供；其實施程序，準用全國性公民投票意見發表會或辯論會實施辦法規定。
第十二條
選委會公告公民投票之結果起二年內，不得就同一事項重行提出。
同一事項之認定由本府為之。
第十三條
本自治條例所定書、表格式，由本府定之。
第十四條
本自治條例自公布日施行。