第一條   

本規程依澎湖縣政府組織自治條例第十一條第一項規定訂定之。

第二條   

澎湖縣政府環境保護局（以下簡稱本局）置局長，承縣長之命，兼受行政院環境保護署之指導、監督，綜理局務，並指揮、監督所屬員工。置副局長一人，襄理局務。 

第三條   

本局設下列各科，分別掌理有關事項：

一、公害防治科：掌理空氣污染防制、噪音與振動管制、水污染（含海洋污染）防治、土壤及地下水污染防治、環境影響評估、教育宣導、公害糾紛處理、環境衛生用藥管理、公
                                                        害陳情案件處理、毒性化學物質管制及綜合業務等事項。

二、環境管理科：掌理環境衛生管理、飲用水檢驗及管理、事業廢棄物管制及環境衛生陳情處理等事項。

三、廢棄物規劃科：掌理廢棄物處理及規劃、廢棄物處理場操作營運之管理、資源回收管理、公民營清除處理機構申請審核等事項。

本局未設總務室，有關文書、印信、研考、法制、採購、資訊、財產管理、事務管理及其他不屬各科之業務事項，由局長指定人員辦理。

第四條   

本局置科長、技士、科員、稽查員、技佐、辦事員。

第五條   

本局設會計室，置主任及書記，掌理歲計、會計及統計事項。

第六條   

本局設人事室，置主任，依法辦理人事管理事項。

第七條   

本規程所列各職稱之官等職等及員額，另以編制表定之。

各職稱之官等職等，依職務列等表之規定。

第八條   

局長請假或因故不能執行職務時由副局長代行，副局長同時因故不能代行時，依第三條所列單位主管順序代行之。

局長辭職，依公務人員相關法令辦理。

第九條   

本局分層負責明細表由本局訂定，報請澎湖縣政府核定。

第十條

本規程自中華民國一百年七月一日施行。
本規程自中華民國一百零年一月十日修正發布之條文，自一百零三年一月一日施行。