一、為使澎湖縣政府（以下簡稱本府）各單位暨所屬機關熟悉離島建設基金補助作業方式，提昇計畫執行能力，特訂定本注意事項。
二、本府各位暨所屬機關申請年度離島建設基金補助計畫分為：
（一）列入行政院核定之離島綜合建設實施方案之計畫。
（二）茲有推動縣政發展需要，經簽奉縣長核准申請離島建設基金補助之計畫。
三、本府年度離島建設基金補助計畫項目及額度申請及核定程序：
（一）計畫申請：本府年度各項計畫應先向中央公務預算申請補助，若確有不足，再提列離島建設基金補助計畫。本府各單位暨所屬機關提出申請計畫送交行政處彙整。
（二）本府審核：行政處彙整本府各單位暨所屬機關提出申請計畫項目及額度後召開會議審核，以確定本府提出申請之補助計畫項目及額度。
（三）中央核定：本府申請年度離島建設基金補助計畫項目及額度確定後，由行政處函送計畫書至各中央目的事業主管機關初審後，由該目的事業主管機關送國家發展委員會
提請行政院離島建設指導委員會工作小組審議；核定結果由行政處函知提案單位(機關)及財政處、主計處。
四、本府召開會議審核離島建設基金補助申請計畫項目及額度時，應參考下列事項：
（一）為本縣離島綜合建設實施方案所列計畫。
（二）符合「促進離島永續發展方針」及「離島永續發展規劃暨離島建設基金補助原則」。
（三）評估計畫執行人力、用地取得、是否完成規劃設計、財務金額合理性或難以執行等問題。
五、離島建設基金核定補助之計畫執行單位，應於年度計畫執行前一年度之十二月底前填列工作計畫書（如附件），函報各中央目的事業主管機關核定後，確實執行。
計畫核定後如須變更，應函報各中央目的事業主管機關核定後，始得辦理。如變更或註銷內容涉及金額、期程異動等，應先簽會本府財政處、主計處、行政處等相關單位並奉本府一層批准。
提報年度工作計畫時應於「計畫目標」項下將預期效益目標予以量化，作為施政績效評估之依據，以提昇執行效益。
受補助單位俟接獲中央目的事業主管機關核定函時，應即影印核定函及計畫書一份送本府行政處，以備查考。
六、未列入離島綜合建設實施方案之建設計畫，如屬急迫性或突發性因素，亟需協助補助者，可依「離島建設基金個別計畫補助原則」申請離島建設基金個別計畫經費補助。
前項申請離島建設基金個別計畫經費補助之計畫，由各提案單位（機關）擬具計畫申請書，依序簽會本府行政處、財政處、主計處等單位並奉本府一層批准後，函送中央目的事業主管機關提出申請並副知 國家發展委員會與本府行政處；中央目的事業主管機關審查同意後核轉提請離島建設指導委員會工作小組審議。
提案單位（機關）於申請前應先與中央目的事業主管機關溝通中央公務預算之編列與計畫內容。
七、離島建設基金經費之運用及管考：
（一）經核定之補助款以納入地方預算方式辦理，受補助單位應專款專用，不得移作他用。
（二）受補助單位應將補助款存入本縣「離島建設基金專戶」，每半年由行政處將補助經費孳息繳回國家發展委員會基金專戶，受補助單位並應於計畫執行完畢後一個月內，將結餘款項、廠商違約或逾期 交貨之違約金等因執行計畫而產生之各項收入，繳回各中央目的事業主管機關基金專戶。
（三）受補助計畫若同時接受公務預算及基金補助，計畫執行完畢之結餘款項、廠商違約或逾期交貨之違約金，應按公務預算及基金補助比例繳回基金。
（四）受補助計畫未執行經費需保留至後續年度繼續使用者，應敘明目前計畫執行情形、經費保留理由及預計辦理完成時程，於中央目的事業主管機關規定期限前填列申請書，報請各中央目的事業主管機 關審查同意，並簽會本府財政處、主計處辦理保留。
（五）受補助單位並應配合中央目的事業主管機關督核需要及計畫性質按月或按季填報計畫執行情形及收支估計明細。