第1條
本自治條例依地方行政機關組織準則第三條第二項規定制定之。
第2條
澎湖縣政府（以下簡稱本府）依法辦理自治事項，執行中央機關委辦事項，並監督鄉（市）自治。
第3條
本府置縣長一人，綜理縣政，指揮、監督所屬員工及機關。置副縣長一人，襄助縣長處理縣政。
第4條
本府置秘書長一人，為幕僚長，承縣長之命，處理縣政。
第5條
本府置參議、秘書、消費者保護官，參議掌理法案審核、協調、核稿等事項，秘書掌理協調、機要等事項，消費者保護官掌理消費者保護事項，均受秘書長之指揮、監督。
第6條
本府設下列各處，分別掌理有關事項：
一、民政處：掌理自治行政、調解行政、公共造產、宗教、禮俗、墓政、戶政、兵役行政、動員業務等事項。
二、財政處：掌理財務行政、公庫、公債、庫款支付、出納、公產、地方金融、菸酒管理、地政等事項。
三、建設處：掌理城鄉規劃、開發許可、都市計畫、建築管理、使用管理、國宅業務、違章拆除、工商業、能源開發、市場輔導、公用事業、公營事業、公平交易、消費者保護、停車場管理、自由貿易區、招商窗口等事項。
四、教育處：掌理國民教育、社會教育、幼稚教育、特殊教育、家庭教育、體育等事項。
五、工務處：掌理土木工程、道路工程、公共工程、停車場工程、下水道工程、水利工程、港灣工程、漁業公共設施興建維護、海岸管理、採購執行等事項。
六、旅遊處：掌理觀光行政、觀光特區、風景區規劃整建、觀光活動行銷、觀光產業投資輔導、旅賓館輔導、水上遊憩活動輔導、旅客申訴處理、交通行政、小三通、大陸事務等事項。
七、社會處：掌理社會行政、合作行政、社會福利、社會救助、社會工作、勞資關係、勞工組織、勞動條件、勞工福利、就業輔導、勞工安全衛生等事項。
八、行政處：掌理法制、訴願、國家賠償、新聞、公共關係、印信、文書、檔案管理、庶務、綜合計畫、研究發展、管制考核、推動為民服務、資訊管理等事項。
第7條
本府置處長、副處長、科長、技正、專員、督學、社會工作師、營養師、設計師、科員、技士、技佐、辦事員及書記。
第8條
本府設人事處，置處長、專員、科長、科員、辦事員、書記，依法辦理人事管理事項。
第9條
本府設政風處，置處長、專員、科長、科員、辦事員，依法辦理政風事項。
第10條
本府設主計處，置處長、副處長、科長、帳務檢查員、科員、辦事員、書記，依法辦理歲計、會計及統計等事項。
第11條
本府所屬一級機關設警察局、消防局、衛生局、環境保護局、農漁局、文化局、稅務局，分別掌理有關事項，其組織規程另定之。
各局置局長，承縣長之命，分別掌理各該局事務。
第12條
本府為辦理特定業務，設所屬二級機關，分別受各處、局之督導；其組織規程另定之。
第13條
本府及所屬機關（除警察、消防機關外），員額總數最高六一八人。
本府及所屬各機關之員額，除警察、消防機關外，由縣長於前項員額總數內，依地方行政機關組織準則第二十一條之規定分配之；警察、消防機關之員額數，依中央各該主管機關訂定之設置基準定之。
第14條
本自治條例所列各職稱之官等職等或級別及員額，另以編制表定之。
各職稱之官等職等，依職務列等表之規定。
第15條
本府各處得分科辦事，科不得超過七個。
第16條
本府得視實際需要，設事業機構；其組織自治條例由本府擬訂，經縣議會通過，報請中央各該主管機關備查。
第17條
縣長請假時，由副縣長代行。副縣長因故不能代行時，由秘書長代行。秘書長同時因故不能代行時，依第六條所列單位主管順序代行之。
縣長停職時，由副縣長代理，副縣長出缺或不能代理者，由內政部報請行政院派員代理。縣長辭職、去職、死亡者，由內政部報請行政院派員代理。
前項縣長辭職，應以書面向內政部提出，由內政部轉報行政院核准，自核准辭職日生效。
第18條
本府設縣務會議，由下列人員組成之：
一、縣長。
二、副縣長。
三、秘書長、參議、秘書、消費者保護官。
四、各處主管。
五、所屬一級機關首長。
六、縣長指定人員。
前項會議，由縣長召集之，開會時並為主席，縣長因故不能出席時，由職務代理人擔任主席。
第19條
下列事項應經縣務會議之決定：
一、施政計畫與預算。
二、縣規章及自治規則。
三、提請縣議會審議之其他案件。
四、本府及所屬機關組織編制調整事項。
五、涉及各一級單位或所屬機關共同關係事項。
六、縣長交議事項。
七、其他有關縣政重要事項。
第20條
本府分層負責明細表，由本府定之。
本府各所屬機關分層負責明細表，由各所屬機關擬訂，報本府核定。
第21條
本自治條例自中華民國一百年一月一日施行。