1.中華民國91年6月28日澎湖縣政府府計管字第0910034720號函訂定發布
2.中華民國93年7月1日澎湖縣政府府計管字第0931400117號函修正發布
3.中華民國94年3月7日澎湖縣政府府計管字第0941400083號函修正發布
  第8點
4.中華民國96年4月19日澎湖縣政府府計管字第0961400182號函修正發布
  第1、4、5、7、8、10、12點；名稱並修正為「澎湖縣政府年度施政計畫評核作業要點」
5.中華民國100年1月3日澎湖縣政府府行管字第1001200001號函修正發布
  第3、5、7、點、12點
6.中華民國101年6月14日澎湖縣政府府行管字第1011304159號函修正發布
  第10點
7.中華民國103年3月4日澎湖縣政府府行管字第1031303694號函修正發布
  第4、5、7、8、10點
8.中華民國104年6月10日澎湖縣政府府行管字第1041302035號函修正發布；名稱並修正為「澎湖縣政府個案計畫管制評核作業要點」第7、8、9點
9.中華民國 106 年 7 月 5 日澎湖縣政府府行管字第 10613027241 號函修正發布第6、7、11 點
10.中華民國 107 年 11 月 20 日澎湖縣政府府行管字第 1071304670 號函修正發布
11.中華民國 110 年 2 月 18 日府行管字第1101300574 號函修正第六點、第七點、第八點
12.中華民國 110 年 9 月 23 日府行管字第1101303252 號函修正第五點、第六點、第七點、第九點
13.中華民國 112 年 3 月 2日府行管字第1121300522號函修正第六點、第七點