第1條　 

本規程依澎湖縣政府組織自治條例第十一條第一項規定訂定之。

第2條

澎湖縣政府衛生局（以下簡稱本局）掌理衛生管理事項。

第3條

本局置局長，承縣長之命，綜理局務，並指揮監督所屬員工及機關；置副局長一人，襄理局務。

前項局長及副局長職務，其中一人，必要時得依醫事人員人事條例規定，由相當級別之相關醫事人員擔任。

局長請假或因故不能執行職務時，由副局長代行；副局長因故不能代行時，由秘書代行，秘書同時因故不能代行時，依第四條所列單位主管順序代行之。

局長辭職，依公務人員相關法令辦理。

第4條

本局設下列各科，分別掌理有關事項：

一、醫政科：掌理醫事機構及醫事人員管理、醫療業務管理、醫療品質管制、緊急醫療救護、精神衛生、心理衛生、山地離島醫療保健、全民健康保險宣導、非愛滋藥癮替代療法等事項。

二、食品藥物管理科：掌理食品衛生、健康食品管理、國民營養、藥政管理、毒品防制等事項。

三、保健科：掌理社區健康、癌症防治、婦幼衛生、中老年病防治、職業衛生保健、職場健康、菸害防制、復健醫療業務、長期照護、衛生所業務管理、離島地區醫事人員養成計畫公費生管理等事項。

四、疾病管制科：掌理傳染病防治、預防接種、防疫物資管理、醫院感染管制、營業衛生管理、外籍勞工健康管理等事項。

五、檢驗科：掌理公共衛生檢驗及其他有關事項。

六、企劃科：掌理衛生企劃、衛生教育、研考、為民服務、資訊管理、法制作業及其他有關事項。

七、行政科：掌理文書、檔案、印信、庶務、出納及其他有關事項。

第5條

本局置秘書、科長、科員、衛生教育指導員、技士、衛生稽查員、技佐、辦事員、書記。

前項主管醫政、食品藥物管理、保健、疾病管制、檢驗業務之科長，必要時得依醫事人員人事條例規定，由相當級別之相關醫事人員擔任。

第6條

本局設人事室，置主任、科員，依法辦理人事管理事項。

第7條

本局設會計室，置會計主任、科員，依法辦理歲計、會計及統計事項。

第8條

本局設政風室，置主任，依法辦理政風事項。

第9條

本規程所列各職稱之官等職等及員額，另以編制表定之。

各職稱之官等職等，依職務列等表之規定。

第10條　  

本局下設各鄉縣轄市衛生所及依地區人口及地理環境特殊需要，超過五萬人口數之鄉市得設各鄉縣轄市第二衛生所，並視業務需要設立有關衛生醫療機構，其組織規程另定之。

第11條    

本局分層負責明細表由本局訂定，報請澎湖縣政府核定。

第12條    

本規程自中華民國一百年七月一日施行。