第　一　條　本規程依澎湖縣政府組織自治條例第十一條規定訂定之。

第　二　條　澎湖縣政府衛生局（以下簡稱本局）掌理衛生管理事項。

第　三　條　本局置局長，承縣長之命，綜理局務，並指揮監督所屬員工及機關；置副局長一人，襄理局務。
前項局長及副局長職務，其中一人，必要時得依醫事人員人事條例規定，由相當級別之相關醫事人員擔任。
局長請假或因故不能執行職務時，由副局長代行；副局長因故不能代行時，依第四條所列單位主管順序代行之。
局長辭職，依公務人員相關法令辦理。

第　四　條　本局設下列各科，分別掌理有關事項：
一、醫政科：掌理醫事機構及醫事人員管理、醫療業務管理、醫療品質管制、緊急醫療救護、早期療育、遠距醫療、山地離島醫療保健、全民健康保險宣導、安寧療護及器官捐贈宣導、離島地區醫事人員養成計畫公費生管理等事項。
二、食品藥物管理科：掌理食品衛生、健康食品管理、國民營養、藥政管理、公共衛生檢驗及其他有關事項。
三、保健科：掌理社區健康、癌症防治、婦幼衛生、中老年病防治、職業衛生保健、職場健康等事項。
四、疾病管制科：掌理傳染病防治、預防接種、防疫物資管理、醫院感染管制、營業衛生管理、外籍勞工健康管理等事項。
五、長期照顧科：掌理長期照護政策、法規及方案之執行、發展長期照護服務、長期照護人力培訓、長期照護服務單位及服務人員之管理監督、失能個案照顧管理及其他有關事項。
六、企劃科：掌理衛生企劃、衛生教育、研考、為民服務、性別平等、志願服務、社區健康營造、法制作業、菸害防制、衛生所業務管理、毒品防制、精神衛生、心理衛生、家暴性侵處遇及其他有關事項。
七、行政科：掌理文書、檔案、印信、採購、庶務、出納、財產、資訊等管理及其他有關事項。

第　五　條　本局置科長、科員、衛生教育指導員、技士、衛生稽查員、技佐、辦事員、書記。
前項主管醫政、藥政、檢驗、保健（健康促進）、疾病管制、長期照護、毒品防制或藥物濫用防制、心理衛生業務之科長其中五人，必要時得依醫事人員人事條例規定，由相當級別之相關醫事人員擔任。

第　六　條　本局設人事室，置主任、科員，依法辦理人事管理事項。

第　七　條　本局設會計室，置主任、科員，依法辦理歲計、會計及統計事項。

第　八　條　本局設政風室，置主任，依法辦理政風事項。

第　九　條　本規程所列各職稱之官等職等及員額，另以編制表定之。
各職稱之官等職等，依職務列等表之規定。

第　十　條　本局下設衛生所，並視業務需要設立有關衛生醫療機構，其組織規程另定之。

第 十一 條　本局分層負責明細表由本局訂定，報請澎湖縣政府核定。

第 十二 條　本規程自中華民國一百年七月一日施行。
本規程中華民國一百零二年一月十一日修正發布之修正條文，自中華民國一百零二年一月一日施行。
本規程中華民國一百零七年三月三十日修正發布之條文，自中華民國一百零七年四月一日施行。
本規程中華民國一百零九年十月二十二日修正發布之條文，自中華民國一百零九年一月一日施行。
本規程中華民國一百十三年八月五日修正發布之條文，自中華民國一百十三年六月一日施行。