1.中華民國八十八年十二月三十一日澎湖縣政府澎府秘法字第 75575  號
  令訂定發布全文 10 條；並自八十九年一月一日施行
2.中華民國九十四年十二月八日澎湖縣政府府行法字第 0941300214 號令
  修正發布全文 10 條；並自九十四年十二月十六日施行
3.中華民國九十六年四月十七日澎湖縣政府府行法字第 0961300083 號令
  修正發布名稱及全文 10 條（原名稱：澎湖縣環境保護局組織規程）
4.中華民國一百年三月二十三日澎湖縣政府府行法字第 1001300200 號令
  修正發布全文 10 條及編制表；並自一百年七月一日施行
5.中華民國一百零三年一月十日澎湖縣政府府行法字第 1031300182 號令
  修正發布第五條、第六條、第十條 條及編制表；並自一百三年一月一日施行
6.中華民國107年7月25日澎湖縣政府府行法字第 10713031396 號令修正發布編制表；並自
   107年7月16日施行