1.中華民國八十八年十二月三十一日澎湖縣政府澎府秘法字第 74463  號
  令訂定發布全文 12 條；並自八十九年一月一日施行
2.中華民國八十九年二月二十一日澎湖縣政府澎府行法字第 04879  號令
  修正發布
3.中華民國八十九年六月十五日澎湖縣政府澎府行法字第 30901  號令修
  正發布
4.中華民國九十年六月二十七日澎湖縣政府澎府行法字第 30182  號令修
  正發布第 3、5、10、12 條；並自發布日施行
5.中華民國九十年八月二十九日澎湖縣政府澎府行法字第 44573  號令修
  正發布發布第 3、5 條；並自發布日施行
6.中華民國九十四年十一月十一日澎湖縣政府府行法字第 0941300195 號
  令修正發布全文 12 條；本規程修正條文自九十四年十二月一日施行
7.中華民國九十六年四月十七日澎湖縣政府府行法字第 0961300081 號令
  修正發布名稱及全文 12 條（原名稱：澎湖縣衛生局組織規程）
8.中華民國一百年三月二十三日澎湖縣政府府行法字第 1001300197 號令
  修正發布全文 12 條及編制表；並自一百年七月一日施行
9.中華民國一百零二年一月十一日澎湖縣政府府行法字第 1021300192 號
  令修正發布第  3、4、5、12 條及編制表；並自一百零二年一月一日施
  行
10.中華民國 107 年 03 月 30 日澎湖縣政府府行法字第 10713013641 號
  令修正發布全文 12 條；本規程修正條文自 107 年 04 月 01 日施行
11.中華民國 107 年 7 月 25 日澎湖縣政府府行法字第 10713031395 號令修正發布編制表自 107 年 7 月 16 日施行
12.中華民國 109 年 10 月 22 日澎湖縣政府府行法字第 10913042961 號令修正第七條、第九條
13.中華民國 113年 8 月 5 日澎湖縣政府府行法字第 11313026841號令修正發布