第一條 本規程依澎湖縣政府組織自治條例第十 一條 規定訂定之。

第二條 澎湖縣政府農漁局（以下簡稱本局）置局長，承縣長之命，綜理局務，並指揮、監督所屬員工。置副局長一人，襄理局務。

第三條 本局設下列各科，分別掌理有關事項：
一、農牧科：掌理農牧推廣與管理、農畜產品運銷、農會輔導、農畜產品批發市場管理、農村再生、飼料管理、肥料管理、農藥管理、農作物病蟲害防治、農畜情調查、農地利用等事項。
二、漁政管理科：掌理漁船及船員管理、漁業資源保育、漁業調查統計、漁業巡護取締等事項。
三、漁業輔導科：掌理漁業技術改進推廣、漁業權漁業管理、漁產運銷、魚市場管理、漁會輔導等事項。
四、生態保育科：掌理野生動物及產製品登記查核、野生動植物保育管理、自然保護（留）區管理、珍貴老樹管理、地質公園、濕地等事項。
五、行政科：掌理農漁業發展及產銷計畫管制、農業公共設施興建維護、文書、印信、研考、法制、出納、採購、財產管理、事務管理、資訊管理及其他不屬各科業務等事項。

第四條 本局置 秘 書 、科長、科員、技士、技佐、辦事員及書記。

第五條 本局設會計室，置 主任 及辦事員， 掌理歲計、會計及 統計事項。

第六條 本局設人事室置主任 依法辦理人事管理事項。
第六條之一本局政風業務由本局派員兼辦。

第七條 本規程所列各職稱之官等職等及員額，另以編制表定之。
各職稱之官等職等，依職務列等表之規定。

第八條 本局視業務需要設立有關農林漁牧業發展或動植物防疫機構，其組織規程另定之。

第九條 局長請假或因故不能執行職務時由副局長代行，副局長同時因故不能代行時，由秘書代行，秘書同時因故不能代行時，依第三條所列單位主管順序代行之。

局長辭職，依公務人員相關法令辦理。


第十條 本局分層負責明細表由本局擬定，報請澎湖縣政府核定

第十一條 本規程自八十八年十二月二十三日施行。

本規程中華民國九十二年十月十五日修正發布之修正條文自中華民國九十三年一月一日施行；本規程中華民國九十六年四月十七日修正發布之修正條文自中華民國九十六年七月一日施行；本規程中華民國一百年三月二十三日修正發布之修正條文自中華民國一百年七月一日施行；本規程中華民國一百零三年五月十九日修正發布之修正條文，自中華民國一百零三年七月一日施行；本規程中華民國一百零四年十二月三十日修正發布之修正條文，自中華民國一百零五年一月一日施行。
本規程除前項修正條文外，其餘修正條文自發布日施行。