1.中華民國八十八年十二月二十三日澎湖縣政府澎府秘法字第 73072  號
  令訂定發布全文 11 條；並自八十八年十二月二十三日施行
2.中華民國八十九年一月二十一日澎湖縣政府澎府秘法字第 00328  號令
  修正發布
3.中華民國九十年一月十六日澎湖縣政府澎府行法字第 00342  號令修正
  發布
4.中華民國九十年三月九日澎湖縣政府澎府行法字第 10299  號令修正發
  布全文 11 條；並自九十年三月一日施行
5.中華民國九十二年十月十五日澎湖縣政府府行法字第 0920058017 號令
  修正發布全文 11 條；本規程修正條文自九十三年一月一日施行
6.中華民國九十六年四月十七日澎湖縣政府府行法字第 0961300080 號令
  修正發布名稱及全文 11 條（原名稱：澎湖縣農漁局組織規程）
7.中華民國一百年三月二十三日澎湖縣政府府行法字第 1001300194 號令
  修正發布第 3、4、5、8、11 條條文及編制表；並自一百年七月一日施
  行
8.中華民國一百零三年五月十九日澎湖縣政府府行法字第 10313016372 號令
  修正發布第 5、6、11 條條文及編制表；並自一百零三年七月一日施行
9.中華民國一百零三年五月十九日澎湖縣政府府行法字第 10413052932 號令
  修正發布第 4、9、11 條條文及編制表；並自一百零五年一月一日施行
10.中華民國107年7月25日澎湖縣政府府行法字第 10713031394 號令修正發布編制表；並自中華民國一百零七年七月十六日施行
11.中華民國112年4月7日澎湖縣政府府行法字第11213011461 號令修正發布；並自一百十二年四月九日施行